Chongjin từng là một làng chài nhỏ trước khi Nhật Bản chiếm đóng Triều Tiên; ngày thành lập của nó là không rõ. Các ký tự Trung Quốc cho tên của nó có nghĩa là 'lòng sông trong vắt'.[1] Trong Chiến tranh Nga-Nhật năm 1904-1905, các lực lượng đế quốc Nhật Bản đã đổ bộ vào Chongjin và thành lập một căn cứ tiếp tế do nằm gần chiến tuyến trong vùng Mãn Châu. Người Nhật vẫn ở lại đây sau khi kết thúc chiến tranh, và vào năm 1908, họ tuyên bố thành phố là một cảng giao dịch mở cho cả việc vận chuyển tài nguyên của Triều Tiên và là điểm dừng chân của các tài nguyên từ Trung Quốc.[2] Thành phố này được biết đến trong thời kỳ này với tên gọi là Seishin, theo cách phát âm tiếng Nhật của các ký tự Trung Quốc cho tên của nó. Sư đoàn 19 của Quân đội Hoàng gia Nhật Bản có trụ sở tại Ranam từ năm 1918, nơi Nhật Bản xây dựng một thành phố theo kế hoạch mới dựa trên một mạng lưới đường phố hình chữ nhật.[1] Năm 1930, tập đoàn Nhật Nippon Steel đã xây dựng một nhà máy thép lớn, công trường thép Seishin, trong thành phố. Ranam bị sáp nhập vào Chongjin năm 1940, được nâng cấp lên thành thành phố. Thành phố đã bị tàn phá sau một cuộc kháng chiến ngắn ngủi của Liên Xô vào ngày 13 tháng 8 năm 1945, chỉ hai ngày trước khi kết thúc Thế chiến thứ II.

Dưới sự quản lý của Bắc Triều Tiên, Chongjin vẫn là một trung tâm quân sự và công nghiệp quan trọng. Nó được quản lý trực tiếp bởi chính phủ trung ương từ năm 1960-1967 và từ 1977-1988.

Trong nạn đói Bắc Triều Tiên những năm 1990, Chongjin là một trong những địa điểm bị ảnh hưởng nặng nề nhất ở nước này; tỷ lệ tử vong của người dân tại đây có thể lên tới 20 %.[1] Điều kiện thành phố vẫn còn kém về khả năng cung cấp thực phẩm.[1] Vấn đề này đã gây ra một số trường hợp bất ổn dân sự ở Chongjin, một điều hiếm thấy ở Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Triều Tiên. Ngày 4 tháng 3 năm 2008, một đám đông thương nhân nữ đã phản đối việc kiểm soát chặt chẽ thị trường của chính quyền.[1] Giá ngũ cốc tăng và các nỗ lực của chính phủ nhằm cấm "bán hàng rong trên thị trường" đã được trích dẫn là nguyên nhân của các cuộc biểu tình.[1] Do các cuộc biểu tình, chính quyền địa phương Chongjin "đã đăng một tuyên bố cho phép bán hàng rong trên các chợ."[3] Vào ngày 24 tháng 8 năm 2008, một cuộc đụng độ đã xảy ra giữa các nhân viên tuần tra và các thương nhân nữ, đã leo thang thành một "cuộc biểu tình lớn". Được biết, chính quyền địa phương Chongjin đã ban hành các hướng dẫn bằng lời nói làm giảm bớt các hoạt động thực thi của các nhân viên tuần tra cho đến thời điểm khẩu phần ngũ cốc tiếp theo.[3]

Năm 2003, chính quyền Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Triều Tiên đã cho thành lập một thương cảng cho vùng đông bắc Triều Tiên tại đây. Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa và Nga cũng mở các lãnh sự quán của mình tại Chongjin và là thành phố duy nhất tại Triều Tiên có lãnh sự quán.